毛色は黒虎毛と中虎毛と赤虎毛とに分かれる。年齢を重ねるに従って虎毛がはっきりしてくることもある。虎毛は山野で狩りをするときの保護色となる。
虎毛部分の色がビール瓶を太陽に透かした様な美しい赤い色素を持つ個体を赤虎毛とするが、赤の色素の無い褐色の縞の黒虎毛も勇壮な虎模様を特徴とするため、「虎毛犬(とらげいぬ)」の別名をもつ。
※昨今黒一色で虎模様の無い甲斐犬が多数存在し、近親交配の弊害が心配されている。 ※中虎毛を、赤虎毛とも黒虎毛とも呼べない虎柄として低く評価するのは間違いで、赤も、黒もいずれも綺麗で艶のある個体が中虎毛で、色の抜けたハイエナの様な色合いの個体は中虎毛とは呼べない。
体高は、オスは47~53cm、メスは42~48cmで、日本犬種のなかでは中型犬に分類される。
また、体型より、「鹿犬型」(鹿型犬)と「猪犬型」(猪型犬)のタイプがあったが、現存する甲斐犬は、「鹿犬型」(鹿型犬)であり、猪の他、カモシカも追っていたとされ、細身で体が長めで、岩場に適応して垂直に飛び上がる力に優れている。
北海道犬や琉球犬、中国のチャウチャウなどと同様、舌斑を持つ等、弥生時代以前からの特徴を有している。太く長い毛と、細くてやわらかい短毛が密集している。尾は差し尾、または巻尾。
甲斐犬の評価ポイントは、三角形の肉厚な耳の角度、三角目の形、尾っぽの巻き方、足の開き方のバランス、飛節の角度などがある。